惠水縣人文歷史悠久，五代時曾在今縣城南部7公里處的臥龍崗設置南寧州；宋時為“西南夷五姓番、七姓番”地；元時設置8個安撫司，史稱“八番”；明時先后建立程番府、定番州，下轄16個長官司；1914年設立定番縣；1941年更名為惠水縣。

1949年11月24日，中國人民解放軍占領惠水縣城，惠水宣告解放。從此惠水歷史掀開了新的一頁。

1952年10月4日，建立惠水彝族苗族自治區(qū)，成為貴州省第一個少數(shù)民族區(qū)域自治縣。

1954年6月27日改稱惠水布依族苗族自治區(qū)。

1955年5月11日，改稱惠水布依族苗族自治縣，1956年12月改稱惠水縣。

1949年11月至1956年10月，惠水縣先后劃歸修文、貴陽、安順等專區(qū)及黔南州管轄。

1958年11月至1963年9月隸屬于貴陽市，1963年9月劃歸黔南布依族苗族自治州。